20 октября 1938 г. был подписан Указ Президиума Верховного Совета СССР № 13 «О разделении Дальневосточного края на Приморский и Хабаровский края», в соответствии с которым на территории российского Дальнего Востока, входящей в Дальневосточный край, образованы Хабаровский край с центром в г. Хабаровске и Приморский край с центром в г. Владивостоке. В Хабаровский край вошли: Хабаровская область, за исключением Калининского, Красноармейского районов и части Бикинского района, Амурская, Нижне-Амурская, Камчатская, Сахалинская и Еврейская автономная области. В состав Приморского края вошли: Приморская и Уссурийская области, Калининский и Красноармейский районы Хабаровской области, 26 сельсоветов Бикинского района Хабаровской области, присоединенные к Калининскому району. Оргбюро ЦК ВКП(б) по Хабаровскому краю возглавил Владимир Александрович Донской, ставший первым секретарем Хабаровского крайкома партии (1939–1940); председателем Оргкомитета Президиума Верховного Совета РСФСР в Хабаровском крае – Сергей Иванович Гусев (октябрь 1938 – январь 1940). На первой Хабаровской краевой конференции ВКП(б) 21 февраля 1939 г. В. М. Истомин был избран членом Хабаровского крайкома, на первом пленуме крайкома – членом бюро Хабаровского крайкома ВКП(б), делегатом XVIII съезда ВКП(б); в ноябре 1939 г. был выдвинут кандидатом в депутаты Хабаровского краевого Совета народных депутатов, в декабре избран в его состав.

13 января 1940 г. на первой сессии Хабаровского краевого Совета депутатов трудящихся В. М. Истомин был утвержден председателем Хабаровского крайисполкома. Возглавив в 35 лет исполнительную власть в Хабаровском крае, он энергично взялся за работу. «Дальний Восток должен иметь у себя на месте все необходимое по транспорту, а по возможности также и по металлу и машиностроению, по цементу, лесу и вообще по стройматериалам, равно и по большинству громоздких к перевозке продуктов пищевой и легкой промышленности», – эти слова В. М. Молотова, прозвучавшие на XVIII съезде ВКП(б), он взял за основу всей своей деятельности. По всей территории края поднимались строительные леса. Началось сооружение в Комсомольске-на-Амуре завода «Амурсталь», на станции Хор гидролизного завода. Только за 1940 год в крае было введено в строй 130 новых предприятий и мастерских. Быстро развивалось машиностроение, увеличилась добыча угля, набирали темпы лесная и рыбная промышленность. Отпала необходимость завоза в край целого ряда изделий товаров широкого потребления. Несмотря на немалые трудности, появились первые успехи и в сельском хозяйстве. Воз¬росли посевные площади, в колхозах было создано 80 новых животноводческих ферм. Продолжалось железнодорожное строительство. В 1940 г. вошел в строй железнодорожный путь Волочаевка-2 – Комсомольск-на-Амуре. В 1941 г. разверну-лось строительство трех крупнейших электростанций: в Хабаровске, Благовещенске и Биробиджане. Рост промышленности и сельского хозяйства Хабаровского края вызвал нехватку рабочих рук. Исполком взял под контроль процессы переселения, старался обеспечить приезжавших на Дальний Восток людей, прежде всего, самым необходимым, и особенно жильем. Было обращено внимание на подготовку кадров в системе начального профессионального образования, создание школ фабрично-заводского обучения. В январе 1941 г. Владимир Михайлович был избран в Совет Национальностей Верховного Совета Союза СССР; это было свидетельством признания его заслуг в деле социально-экономического развития Хабаровского края, роста авторитета и значимости территории для страны. Начавшаяся Великая Отечественная война потребовала от руководителей края коренной перестройки работы на военных лад, подчинения её «интересам фронта, задачам организации разгрома врага». Предприятия края переходили на выпуск военной продукции, стремясь перевыполнять планы. В годы войны в 2–3 раза увеличился выпуск продукции на заводах, предприятиях, в колхозах, МТС и совхозах Хабаровского края. В то же время продолжалось строительство промышленных объектов. В феврале 1942 г. был пущен завод «Амурсталь», вступили в строй государственный союзный завод № 364 (впоследствии – электротехнический завод), государственный союзный машиностроительный завод № 313 (завод литейного оборудования). Особое внимание крайисполком уделял сельскому хозяйству, созданию овощных хозяйств вокруг городов и промышленных предприятий, страдавших от нехватки продуктов. Напряженная работа в первые годы войны не прошла бесследно для председателя крайисполкома В. М. Истомина. Он тяжело заболел, и 8 декабря 1942 г. исполком Хабаровского краевого Совета депутатов трудящихся в связи с тяжелой болезнью освободил его от обязанностей председателя крайисполкома. В. М. Истомин уехал на лечение в Москву, где 23 декабря 1942 г. умер. Учитывая заслуги Истомина как председателя крайисполкома в самое трудное для края время, исполком Хабаровского краевого Совета депутатов трудящихся 25 декабря 1942 г. принял решение № 1615 «Об увековечивании памяти В. М. Истомина». Его имя было присвоено Хабаровской детской клинической больнице и средней школе № 14. Улица Артиллерийская г. Хабаровска была переименована в улицу имени Истомина. Памятная доска В. М. Истомину установлена на улице его имени в Хабаровске.