Новый период жизни А. П. Окладникова связан с его переездом в г. Новосибирск (1961). С 1961 по 1966 гг. он занимал должности заместителя директора Института экономики и организации промышленного производства СО АН СССР, заведующего Отделом гуманитарных исследований этого института. В 1962 г. ему присвоено звание профессора по специальности «Археология», он стал заведующим кафедрой всеобщей истории Новосибирского университета. В 1964 г. А. П. Окладников избирается членом-корреспондентом АН СССР. После образования в декабре 1966 г. Института истории, филологии и философии СО АН СССР был назначен его директором и оставался им до конца своей жизни. Его научные интересы были обширны: от памятников палеолита до изучения русских поселений XVII–XVIII вв.

Его интерес к истории, археологии проявился уже в раннем возрасте. В 1924 г. 16-летний Алеша Окладников, пришел в Иркутск с мешком найденных возле родного села орудий каменного века. В кружке «Народоведение» под руководством профессора Б. Э. Петри начинали в тот год вместе с ним путь в науку будущие знаменитые антропологи В. Ф. Дебец и М. М. Герасимов. Школа Б. Э. Петри, а затем П. П. Ефименко, у которого А. П. Окладников учился в аспирантуре, определили многое в судьбе ученого. Но основополагающим было своеобразие многогранного таланта и непостижимый по своей интенсивности труд. Экспедиции, поиски, находки составляли смысл его жизни. Египет, Монголия, Куба, Алеутские острова – везде, где побывал А. П. Окладников, он открывал неизвестные ранее археологические памятники. У нас в стране от Урала до Колымы, от Памира до Таймыра им открыты многие тысячи археологических объектов. Много внимания он уделял Дальнему Востоку. А всемирную известность ему принесла уникальная находка мальчика-неандертальца, чьи окаменевшие останки ученый раскопал в пещере Тешик-Таш в 1938 г.

Когда окрыленный удачей А. П. Окладников вернулся из Средней Азии в Ленинград, он был ошарашен известием о том, что якобы среди молодых ученых-археологов наметился некий ... социал-демократический уклон. «А что это такое? – поинтересовался он у своего научного руководителя. Тот пожал плечами, но все-таки посоветовал не отпираться, соглашаться во всем с приехавшим из Москвы товарищем из органов. «А если он меня апостолом Павлом назовет, тоже соглашаться?!» – возмутился А. П. Окладников.

Словом, когда вызвали его для беседы, Алексей Павлович горячо и популярно объяснил, что само понятие «уклон» в археологии есть полнейшая нелепица! Убедил.

Чего только не довелось испытать этому удивительному человеку!

Отца А. П. Окладникова, сельского учителя, расстреляли на Байкале колчаковцы, мать была из крестьянской семьи, и путь в науку для парня из таежной иркутской глубинки не был усеян хрустящими купеческими банкнотами, как у Генриха Шлимана, открывшего легендарную Трою, который прежде чем обнаружить «сокровища царя Приама», уничтожил во время бессистемных раскопок следы многих существовавших позднее городов. Окладников же «собирал» историю бережно, по крохам, хотя и с невероятным размахом.

Одна экспедиция по Амуру в 1935 г. чего стоит! Тогда Окладникова, учившегося в ленинградской аспирантуре, напутствовал легендарный ученый В. Г. Тан-Богораз, по рекомендации которого Институт этнографии Академии наук поручил молодому и энергичному сибиряку чуть ли не в одиночку начать поиски древнейших культур Приамурья и провести там первые систематические раскопки. «Поручение было столь же ответственным, сколь и нелегким, – вспоминал позднее Алексей Павлович, – но колебаться тоже было невозможно. Впереди лежала заманчивая и загадочная страна, целый неведомый для археолога мир, о котором мы знали еще настолько мало, что каждый новый камень, каждый черепок оттуда мог означать целое открытие».

И такие открытия были сделаны уже в самом Хабаровске, где Окладников и его напарник Михаил Черемных, потомок илимских землепроходцев, обнаружили несколько древних захоронений, собрали большую коллекцию керамики, изделий из кости и камня. Затем, познакомившись на шумном базаре с бородатым стариком-старовером, торговавшим рыбой, взяли у него в аренду большую парусную лодку, заодно зачислив в «команду» хозяйского сына-подростка, сызмальства выросшего на реке.

И началась трудная многомесячная экспедиция по Амуру, которую позднее назовут важнейшей, этапной в исследовании далекого прошлого региона. Конечно, и до Окладникова ученые эпизодически обращались к изучению древних памятников по берегам великой реки, а предприимчивый американец Б. Лауфер даже положил глаз на знаменитые наскальные рисунки в Сикачи-Аляне, предлагая ... выпилить их и увезти в американские музеи. Но лишь с Окладникова начались систематические и крупномасштабные исследования в Приамурье, открывшие неведомые ранее страницы истории. Итоги той первой Амурской экспедиции поразительны: в тяжелейших условиях, на скудном бюджетном пайке Окладников, не имевший тогда ещё ученой степени, но удивительно работоспособный и наблюдательный, совершил научный подвиг, открыв около двухсот археологических памятников разных эпох и подарив науке доселе неведомую цивилизацию. Экспедицию эту позднее будут сравнивать по значимости с походами Пояркова и Невельского, а известный японский ученый К. Кюдзо назовет Окладникова «величайшим из крестьян и первым из землепроходцев».

И вот этот крепкий, неутомимый сибиряк со своими коллегами за годы экспедиций буквально «перелопатил» приамурские и прочие земли, пройдя их, как говаривали в старину, встречь солнца. А с 1953 г. стала действовать возглавляемая Окладниковым Североазиатская археологическая экспедиция, которая за два с лишним десятилетия в контакте с дальневосточными научными организациями обследовала значительную часть Приамурья, Приморья и Забайкалья, изучала дописьменную историю палеоазиатов, тунгусов и других народов, доказав, что и в глубокой древности здесь существовали самобытные культуры аборигенов, внесших свой вклад в развитие мировой цивилизации.

Со временем Алексей Павлович, став академиком и возглавив Институт истории, философии и филологии СО РАН, создал свою знаменитую научную школу. Учениками Окладникова были многие известные ныне ученые-археологи. Оживилась и деятельность краеведческих музеев, в т. ч. Хабаровского, с коллективом которого Алексей Павлович всегда охотно сотрудничал, оказал большую методическую помощь в оформлении экспозиций.

В г. Хабаровске его считали своим. Да и самому Окладникову нравилось бывать здесь. Хабаровск он сравнивал с ... Древним Римом из-за крутых холмов–улиц. И как в «вечном городе», сумел обнаружить здесь следы нескольких десятков поселений разных эпох, существовавших на месте нынешнего Амурского бульвара, Центрального парка, в других частях города. «Хабаровск — это то место, где люди жили и тысячу, и десять тысяч лет назад» – не раз повторял он. И делал находки там, где, казалось бы, все давным-давно перерыто, затоптано. Однажды, прогуливаясь по парку с директором музея, писателем-краеведом В. П. Сысоевым, он на одной из тропинок обнаружил едва заметный краешек древнего сосуда, оказавшегося ... целым! Не зря о наблюдательности Окладникова ходили легенды.

Своим его считали и в Приморье. Значительное место в его научной деятельности занимали археологические исследования в Приморском крае. Он нашел и изучал здесь памятники самых различных эпох: поселения Осиновка, Устиновка-1 (верхний палеолит), Зайсановка-1, Рудная (неолит), Харинская, Кировский (бронзовый век), на полуострове Песчаный, Семипятная (железный век) и ряд других. Всего А. П. Окладниковым опубликовано более 100 работ по археологии Дальнего Востока. В трудах намечена общая периодизация древней и средневековой истории, дана характеристика основных археологических культур. Правильность многих выводов А. П. Окладникова подтверждается исследованиями современных археологов. За выдающиеся достижения в области археологии ему были присуждены Государственные премии (1950, 1973).

«Алексей Павлович не был ученым барином, – вспоминает сотрудница Хабаровского краеведческого музея им. Н. И. Гродекова А. А. Пономарева. – Очень открытый, доброжелательный человек, хотя временами в интересах дела мог быть и жестковатым. Очень требовательный к себе. Никогда не ждал, когда ему принесут, подадут, сам все спешил сделать ...».

Тяжелый воз археологии Окладников вытягивал сам, нередко наперекор быстроменяющейся политической конъюнктуре и всегда – в интересах истины. О нем с восторгом отзывались зарубежные ученые, а сторонники теории северного, берингийского пути заселения Америки вообще считали крупнейшим авторитетом ... А. П. Окладников всегда стоял на позициях защиты и охраны археологических памятников.

Грядущее варварство и разорение предвидел Окладников, когда в последний год своей жизни, уже, будучи тяжелобольным, взывал к совести бездействовавших новосибирских властей, пытаясь защитить от самовольных захватчиков территорию уникальнейшего музея под открытым небом. Он и на Амуре, в селе Сикачи-Алян, мечтал создать музей наскальных рисунков, Трудно переоценить роль и значение А. П. Окладникова: яркий, человек, крупнейший ученый, подлинный лидер, он самим своим присутствием влиял на отношения в сообществе дальневосточных археологов.

Многие из них тепло вспоминают выдающегося академика, оставившего частицу своей души в книгах, фотографиях, музейных экспонатах.