История порта началась 26 октября 1872 года, когда было создано коммерческое судоходное «Товарищество Амурского пароходства». Правительство передало ему из Морского министерства «10 пароходов со всеми принадлежащими к ним баржами и запасными вещами». Тогда в поселении Хабаровка, по береговой полосе Амура, между устьем речки Плюснинка и Утёсом начали строиться грузовые площадки и деревянные мостки для швартовки судов и погрузочно-разгрузочных работ, а также для посадки и высадки пассажиров.

В ходе развития порт менял формы своего подчинения, вызванные реорганизациями речного флота на Амуре. АО «Хабаровский речной торговый порт», созданное в соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 01.07.1992 года № 721 и согласно постановлению главы администрации Кировского района Хабаровска № 125 от 10.03.1993 года, является частью транспортной системы Хабаровского края.

В книге «Надежный причал. 150 лет: Хабаровский речной порт» говорится, что историю страны, края или, к примеру, порта составляют люди. И не картонные «герои нашего времени», а самые обыкновенные. Никто из них не думал, что делает «великое дело» или «творит историю». Но именно они, поколения хабаровских речников, всё это и делали, – все 150 лет создавая свою историю.